友情之上恋人未满

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本不会想到随着那名神秘女子记忆的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……。強納森是一名棄嬰，剛出生就被放置在孤兒院前，幸好一名船長認養了他，並供給他唸寄宿學校。只是聰明但又調皮的強納森連續被五個學校退學，養父最後幫他找到一所「聖湯瑪士合唱寄宿學校」。 強納森在機場見一隻狗被主人遺棄，便將牠帶往學校，但因學校禁止養狗，在室友的建議下將小狗養在他們的秘密基地──一座以拖車蓋成的屋子。沒想到此時來了一名自稱是巴布的人，謂此處是他的產業。眾人無奈離去，但巴布似乎認得學校教音樂的波克老師，遂答應照顧小狗，而且也歡迎眾人到「秘密基地」玩。 由於寄宿學生與當地的學生常發生摩擦，在舉行聖誕音樂合唱之前，保管樂譜的塞巴修被當地學生關到一間地下室並放火燒了樂譜。馬丁、尤里、馬斯及強納森立刻呼朋引伴前去救人，雙方約定挑一人單打，結果馬斯勝了，但對方仍不放人，雙方展開一場雪球大戰。強納森利用雙方混戰之際救出了塞巴斯，眾人急急趕到教堂時，正好趕上了...。