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寇克上将虽然战胜了可汗并建立了创世星，但一切胜利皆徒然。因为他好友冼扑无故身亡，而麦考亦莫名其妙地变得精神失常。寇克面对两名挚友一殁一存，且两人都受尽苦楚，因此矢志要拯救两位好友，决定盗用企业号去突破创世星封锁区，跟敌军展开殊死之战！。