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一万年前的极限战争中，代表人类祖先的不死生物，封印了其他52只不死生物后，获得了最终胜利，人类从此得以在地球上繁衍生息。而21世纪的现在，封印被破解，这些不死生物再次苏醒了。为了阻止它们破坏人类的世界，BOARD（人类基盘史研究所）的所长乌丸开发出了假面骑士系统，用来封印那些不死生物。橘朔也和剑崎一真使用腰带变身成为假面骑士星币和假面骑士剑，就此展开了他们的英雄之战。 故事初期的橘虽然有协助对抗不死生物，但他对剑等人也是敌视的态度。第三个假面骑士卡利斯——也就是相川始，这个亦正亦邪的角色让众人的立场发生了动摇。而最后出现的假面骑士是由睦月变身的假面骑士权杖，虽然他一开始被蜘蛛不死生物控制了，但在剑和橘等前辈的帮助下，睦月终于恢复意志，成为了正义的战士。。由于第二代罗宾(Jason)的死，使的布鲁斯伟恩从英雄工作中退休，蝙蝠侠自高谭市消失十余年。 然而一连串的治安恶化：变种人(the Mutant)青少年武装团体出现、双面人(Tow face)哈维丹特(Harvey Dent)和小丑(Joker)的逃狱，使的他压抑不住内心想要再度化身为蝙蝠侠的渴望而以五十多岁的高龄重出江湖，与新任的罗宾──13岁少女卡莉(Carrie Kelley)，和老搭档高登(James Gorden)面对种种坏人的诡计及市民的质疑与不信任。 而同时，美国也正遭受苏联的核武威胁，超人克拉克肯特属于与蝙蝠侠对立的、听从官方命令的一员，也因此蝙蝠侠必须面对同是超级英雄的伙伴的敌对状况，以衰老而坚定的心智面对这个几乎永远不败的上帝之子。 在故事的结尾，变种人青少年集团因为首领被打败而转向支持蝙蝠侠，双面人哈维丹特也被打败，小丑则在游乐场中被蝙蝠侠重伤脊椎而亡。 因为立场的对立，超人不得不与蝙蝠侠展开大战，而故事则是以蝙蝠侠服用可使人进入假死状态的药物掩人耳目，伟恩的住宅、蝙蝠洞里所有与蝙蝠侠有关的资料都让阿福(Alfred)烧毁，而唯独银行中的存款被布鲁斯提领一空，他教育前变种人集团的青少年们组成了义务警备队继续维护高谭市的和平。而阿福则在烧毁伟恩住宅后中风去世。。