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故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……。女赶尸人小九半夜接到了一个奇怪女人的送尸订单，将一个富少的尸体送到一幢古宅，小九将尸体送到后，却发现富少父母正在为其办冥婚。没想到，第二天富少的父母却找上门来，说富少尸体丢了，要小九归还富少尸体……。亮（吉冈秀隆饰）与家里的父亲发生了冲突，离家旅行到一个小镇，遇到了一家影院的经理活男（西田敏行饰），并留了下来工作，在影院工作的还有放映师常先生（田中邦卫饰），并认识了开咖啡店的八重子（田中裕子饰）。活男一直喜欢八重子，可惜后来终未能如愿，八重子离开了小镇。。