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2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 　　另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 　　2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 　　2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。十年前，风暴的父亲在战斗中被入侵地球的狂岚博士抓走，风暴的家乡蓝虎村也一同消失。如今，风暴已经成为了宇宙护卫队的队长，并偶然得知父亲风雷和狂岚博士可能被困在异时空--某颗位于平行宇宙的星球。于是风暴和伙伴们通过制造时空缝隙来到异时空，并找到了消失的蓝虎族。原来狂岚博士十年前造成的能量波动意外把自己和蓝虎村传送到了异时空。狂龙博士囚禁了很多蓝虎村民用于做实验，其中包括风暴的父亲风雷。风暴救出了已被折磨到失忆的父亲，没想到在打开时空裂缝返回地球时，狂岚博士也得以一同返回地球，并率领自己的火恐龙兽军团再次试图占领地球。危难之时，风暴唤醒了失忆的风雷，父子合力带领护卫队其他成员战胜了狂岚博士和火恐龙兽军团，保护了地球安全。。